این بیمارستان با همت جناب آقای حبیب الله مفید در سال 1353 به عنوان یک بیمارستان خیریه به مساحت 12000 متر مربع در خیابان شریعتی نرسیده به میر داماد پایه گذاری شد که چند سال پس از احداث به وزارت بهداشت اهدا شد و در سال 1365به صورت رسمی دراختیار دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی قرار گرفت. در سال 1389 با موافقت دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، ساختمان سابق دانشکده پرستاری و مامائی در اختیار مرکز پزشکی، آموزشی و درمانی کودکان مفید قرار گرفت و در سال 1390 این ساختمان با عنوان ساختمان اداری و کلینیکی مورد بهره برداری واقع شد. بیمارستان کودکان مفید به عنوان مرکز refereal پذیرای جمعیت قابل توجهی از کودکان بیمار  از نقاط مختلف کشور و همچنین کشورهای مجاور می باشد. هم چنین ازسوی سازمان یونیسف به عنوان بیمارستان دوست دار کودک “Child-Friendly Hospital” معرفی گردیده است.

 بیمارستان کودکان مفید به عنوان یکی از بزرگترین مراکز آموزشی، پزشکی و درمانی و نیز تحقیقات علمی در تهران (پایتخت کشور ایران) قرار دارد. این مرکز در حال حاضر 311 تخت فعال داشته و روزانه به طور متوسط پذیرای 600 بیمار سرپایی می باشد که از این تعداد حدود 50 بیمار بستری  هستند و از خدمات آموزشی و درمانی بستری این مرکز بهره مند می گردند. بجز مواردی مانند همودیالیز، سی تی اسکن و سونوگرافی و آزمایشگاه ، مرکز پذیرای کودکان یک روزه تا 14 ساله می باشد.
رشته های تخصصی و فوق تخصصی شامل  داخلی کودکان ، فوق تخصص اعصاب ، خون و سرطان ، نوزادان ، گوارش ، عفونی ، کلیه  ، روماتولوژی ، ریه ، غدد ، ایمونولوژی-آلرژی و نقص ایمنی ، اورژانس ، رادیولوژی ، ارتوپدی ، پاتولوژی ، جراحی اعصاب ، جراحی کودکان ، روانپزشکی و روانشناسی ، هموفیلی،پیوند مغز استخوان ،پوست،طب فیزیکی،کلینیک زخم ،تغذیه،بیماریهای دهان و دندان می باشد. هم چنین بخش های آزمایشگاهی ، پاراکلینیک ، کلینیک های فیزیوتراپی ، گفتار درمانی ،EEG, EMG ،NCV فعالیت مستمر دارند و همکاران مددکار اجتماعی و سازمان خیریه محک، پوشش و همراهی  بیماران را در زمینه بیماریهای مختلف بر عهده دارند.

بیمارستان مفید یکی از مراکز مادر در امر آموزش پزشکی دانشجویان پزشکی (استاژر/کارآموز) ، اینترن ها (کارورز)، دستیاران تخصصی کودکان  (رزیدنت) و  دستیاران فوق تخصصی در رشته های مختلف (فلو) می باشد و همکاری  علمی با مراکز علمی متعدد شامل British Association of Pediatric Surgeons ، مرکز جراحی کودکان اروپا ، گروه بین المللی انکولوژی کودکان Children Oncology Group ، مرکز ترومبوز و هموستاز میلان ایتالیا ، European Society of Pediatric Rheumatology و سایر مراکز علمی کانادا ، یونان ، ترکیه ، امارات متحده عربی ، هند و کره جنوبی دارد. هم چنین آموزش دستیاران تخصصی  و فوق تخصصی کشورهای خارجی مانند سوریه ، لبنان ، یمن در این مرکز اجرا می شود.